我国水体磷污染已十分严重，如何防治水体磷污染已成为我国水环境保护一个重要课题。综合分析国内外研究资料的基础上认为，控制河流、湖泊水体磷污染除了需要制定环境标准、加强立法管理、设立管理机构和加强水质监督管理外，主要措施还有深层曝气、疏浚底泥控制泥磷的释放；控制非点源磷污染负荷；种植水生植物和养鱼；对点源磷污染实施工程治理限制含磷洗涤剂的使用，减少点源磷排放。
控制非点源磷污染负荷
非点源磷污染具有较分散、分布面广的特点，控制非点源磷污染，除了合理利用土地、减少土壤侵蚀、防止水土流失外，还须有效控制地面径流的过分漫流。挖掘渗透沟可以减少地表径流，但对于河流和大型湖泊，由于其流域大，工程实施较困难。
种植水生植物和养鱼
大量研究表明，养殖草食性鱼类如白维、花缝、卿鱼等不仅具有经济价值，而且可以除掉水中大量的磷。种植水生植物如水葫芦、凤眼莲等能吸收水中大量的磷，利用水生生物防治水体尤其是湖泊水体磷污染是一项值得重视的措施，但在实际应用中须考虑客观条件的限制。
限制含磷洗涤剂的使用据报导，城市废水中的碑有一半是来自合成洗涤荆的使用。近年来，不少发达国家对控制合成洗涤剂中磷的含量都十分重视，许多（OECD）成员国还相应地立法或制定有关法规。随着这些国家禁磷、限磷法规的生效，无磷洗涤剂的使用已越来越广泛。在欧洲，无磷洗涤剂的比例正稳步上升，许多国家几乎实现了无磷化。在加拿大和日本，洗涤剂也基本上实现了无磷化，对控制水体磷污染已初见成效，推广使用无磷洗涤剂已成为许多国家控制水体磷污染的重要途径。
